כתוב בתורה (ויקרא כג): ''וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה שבע שבתות תמימות תהינה. עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום'' וכתוב : ''שבעה שבועות תספור לך, מהחל חרמש בקמה'' (דברים טז). נצטוונו בזה לספור שבעה שבועות מיום הבאת קורבן העומר שהוא ביום ט''ז של ניסן, ועד לחג השבועות, שהוא יום החמישים מיום הקרבת העומר. מתחילים לספור בליל שני של החג, בחוצה לארץ - בליל הסדר השני, וסופרים שבעה שבועות, שהם ארבעים ותשעה ימים. וזה שכתוב 'תספרו חמישים יום' - קבלו חז''ל שפרושו: עד ליום החמישים תספרו.

מצוה על כל אחד ואחד לספור לעצמו, דכתיב: 'וספרתם לכם' - שתהא ספירה לכל אחד ואחד. ומצוה זו נוהגת גם בזמן הזה שאין הבית קיים ואין קרבן עומר. והרבה מן הראשונים והפוסקים אומרים, שבזמן הזה אין מצוה זו נוהגת אלא מדברי סופרים.

זמן הספירה הוא בתחילת הלילה, לפי שנאמר תמימות תהינה ואי אפשר למצוא תמימות אלא אם מתחילים בתחילת הלילה של יום ט''ז. וכיון שספירה ראשונה בתחילת הלילה - שאר כל הספירות שוין לה, וזמנן בתחילת הלילה.

מתפללים תחילה תפילת ערבית, לפי שמצוות תפילה וקריאת שמע שהן תדירות - קודמות. ומיד אחרי תפילת העמידה של ערבית סופרים ספירת העומר.

אם לא ספר בתחילת הלילה - סופר כל הלילה, עד שיעלה עמוד השחר, כל אימת שנזכר. ואם לא נזכר עד שעלה עמוד השחר, סופר ביום בלי ברכה.

ברכת הספירה והספירה עצמה נעשות במעומד.

השואל את חברו כמה ימי הספירה בלילה הזה? אם הנשאל טרם ספר, יזהר שלא יאמר לו הספירה של הלילה, כי אז הוא יוצא ידי חובתו ולא יוכל לספור בברכה. נוהגים להשיב, אתמול היה כך וכך לעומר.

שכח ולא ספר ספירה אחת (לא בלילה , ולא ביום - בלי ברכה), שוב אינו מברך על הספירות האחרות, וחייב לספור כל שאר הלילות בלי ברכה. אם הוא מסופק אם דלג או לא, יספור בשאר הימים בברכה. מדובר בגם אם טעה וספר ספירה שאינה של אותו היום.

נשים פטורות ממצוה זו. (יש הנוהגות לספור, ויש הנוהגות לספור בברכה)